1. 高级功能
In-Silico Peptides
在默认情况下，Byos大多数肽谱分析流程只对根据MS2谱图匹配到的肽段进行定量分析。有些时候，分析人员也会需要对没有MS2谱图匹配的肽段进行定量。这种情况可以用我们软件的in-silico peptides 功能实现。从广义上来说，in-silico是提取肽段XIC谱图的一种方式。这样即使MS2谱图缺失或者质量差的时候，也可以对肽段进行一致的定量。由In Silico鉴定到的肽段可以通过In Silico列中的“Yes” 标记很容易地与其他MS2鉴定到的肽段区分开。
- Automated In-silico Generation via a Theoretical Digest（通过理论酶切自动生成In-silico肽段）: 在创建项目的过程中，软件根据设置的In-silico酶切来生成包含所有预期肽段的列表。理论酶切允许用户查看和编辑修饰列表以满足不同的实验方法。
- CSV In-silico Import（导入In-silico肽段的CSV文件）: 项目创建过程中或者项目结束后，都可以导入包含In-silico肽段的CSV文件。
- Add Missing via Existing（通过已有的肽段添加缺失肽段）：在一个项目某些文件中找到的肽段，系统可以自动在其他文件中寻找相同肽段的信息。
- Create New Peptide from Current（由当前肽段创建新肽段列表）: 在当前已有肽段的基础上生成in-silico列表，可用于添加额外的电荷态和异构修饰。
- With the introduction of our new Feature Finder tool（引入新的Feature Finder工具）:用户可以对之前未鉴定的峰进行In-silico鉴定。
打开In-Silico Peptides分析功能的方法是：
- 在Workflow中的Processing nodes标签页中，找到"In-silico options"项，把"Enable In-Silico"设置为”Yes”。
- 下一步设置理论肽段的条件：酶切类型、漏切数和肽段分子量范围以及相关翻译后修饰。
按照上述操作就能通过XIC对用户所添加的肽段信息进行提取。
除了上述方法，您还可以创建一个In-Silico 肽段列表，通过"In-Silico Peptides CSV"功能添加进去。设置导入的csv文件时，"Enable In-Silico"设置为”No”。
生成In-Silico CSV文件的方法有很多种。
(1)最简单的方法是：
回到Byos的Byologic中，在项目里基于MS2的结果查看窗口，用"Edit"/"In-silico Peptides"/"Export in-silico to CSV"导出需要的序列列表。
(2) 第二种方法是:
- 回到单独的Byologic或Byomap程序，在打开的新窗口点击创建新项目图标（见下图）；
- 在弹出的窗口中"Protein input"添加新序列；
- 然后在"In-silico options"标签页选中“In-silico”勾选框；
- 选择"Use table"单选按钮；
- 最后点击"Generate peptides by digesting proteins"按钮；
- 这时会弹出另外一个窗口，在该窗口中可以配置理论酶切，然后点击"Generate"按钮。
- 按照上面的步骤生成一个In-Silico 肽段的列表，用户可以先编辑再导出或者导出后再编辑。右键点击任何一行，选择"Export table to CSV" 后，在弹出的窗口中选择“formatted”，即可导出列表。
(3)第三种添加In-Silico 肽段的方法对于多文件项目非常有用。例如，一个文件中含有MS2鉴定的序列，同时想在另外一个文件中得到这些序列的MS1定量结果。
- 使用"Edit"/"In-silico Peptides"/"Add missing via existing peptides"选项，选择该功能后，系统会查看每个文件的序列。如果一个文件中缺少另外一个文件中的序列，系统会自动在缺失的文件中添加该序列基于MS1的XIC。需要注意的时，使用该选项时，确保"peptide grouping method"设置为"Separate charge states"。
(4)第四种方法是通过“Create new peptide from current” 功能创建当前肽段的副本。这种方法常用于添加新的价态或者将一个XIC切分成多条肽段。
右键点击“Peptides”表中的肽段，从弹出的菜单中选择“Create new peptide from current”选项，即可使用该功能。分析人员可以接着编辑起始和终止时间后，再创建副本。
(5)最后一种最新的方法是使用“Intersect In-silico Peptides with CSV Library”功能。
新功能Feature Finder可以向Byologic项目中添加未鉴定的MS1信息。一旦添加后，您可能发现部分分子量和保留时间可能与其他方法（例如常见的HCPs，污染物或者对数据的进一步处理）鉴定出来的肽段一致。这种情况下，你可以导入含有这些序列、实际匹配的分子量和保留时间的CSV文件进行更新。选择“Edit”, “In-silico Peptides”, “Intersect Peptides with CSV Library”，在弹出的窗口中，导航到该csv文件并指定合适的时间允差和分子量允差，即可完成添加In-Silico 肽段。
最后一点建议：
如果您打算使用In-Silico Peptides功能，最好打开"XIC alignment for In-silico peptides"功能。此功能可以比对从CSV文件中添加的肽段和从已知添加缺失的肽段两者之间的保留时间，还可以指定保留时间或者XIC宽度偏移。此功能可以自动根据数值调整In-Silico XICs，分析人员不需要手动调整In-Silico XIC窗口。如果想激活该功能，添加下列的高级命令即可。
注意：这些命令行不需要在创建项目时应用。
[InSilicoAlign]
FeatureCenterTolerance=0.5
FeatureDurationTolerance=0.1
“FeatureCenterTolerance”是指比对的in-silico feature保留时间的允差（单位为分钟）。
而“FeatureDurationTolerance” 是指比对in-silico feature流出时间的的允差（单位为分钟）。