1. 报告功能
Byos系统默认的分析流程(Workflow)已经配置了该Workflow下适合用户的报告。用户可以在此基础上根据自身需求和其客户的要求而进行定制化报告并将定制化后的报告存为报告模板，以便重复应用在以后的项目中。
日常分析中在Byos中创建项目后，报告会自动生成，并且在Byos界面中显示成一个标签页(Tab)。报告的形式可以根据实际需求进行定制。
一个完整的报告分成多个标签页(Tab)。第一个Tab为分析结果的总结(Summary)。在Peptide Workflow中，默认的Summary页中包含蛋白覆盖率(protein coverage)、创建项目时设定的项目选项(project creation options)、用于鉴定的检索参数、 原始数据文件存储位置和输出结果的存储位置等信息。点击菜单栏Edit→Current tab settings，然后点击“Edit summary template”，用户可以对该Summary页进行自定义修改，如删除该视图中的文本和短代码(Short Codes)或对视图的信息进行重新排序（见下图）。
对于高级用户，这个编辑器支持使用基本的html标签(Html Tag)。例如，用户在Summary 页的顶部输入<h2>Study conclusion</h2>，添加Study conclusion为二级标题。
其余页面的数据透视表(Pivot Table)可以用不同的方法进行配置。点击“show configuration”按钮，用户可以个性化地定制在报告中显示哪些内容。
点击“show configuration”后，左边的两列是可定制的部分。最左的一列显示的是允许用户添加到Pivot Table中的可选字段(Field)。第二列显示的是实际在报告中显示的字段。如果需要从最左边选择某个字段添加到表中，点击该字段按钮，然后拖至第二列即可完成。如需将某个当前显示的列从表中移除，只需在第二列中将该字段拖动至最左列。
如果想要对Pivot Table中的字段排序，点击该字段拖放至合适的位置即可完成。
所有字段排列完成后，用户可以通过筛选功能挑选出想看的数据。如果字段按钮是红色斜体（如下图的Mod Names）时，这表明Pivot Table显示的是根据该字段筛选出的结果。主要的筛选功能有“Include/Exclude”（包含/不包含）和“Show/Hide”（显示/隐藏）。
"Include/Exclude”功能是指挑选出包含或者不包含指定字段的结果。此时，被排除的数据不会计入计算或者不显示在表中。“Show/Hide”功能将会显示或隐藏该字段的数据。但是，不被显示的字段仍参与计算。
用户有多种选择来显示数据，包括柱形图、热图以及做PCA统计分析图（该分析方法在HCP 分析流程中非常有用）。
利用Tabs菜单可以添加新的标签页、添加图形标签页或者更新整个报告。如果在项目的查看视图中改变了数据分析结果，这时需要更新报告的内容。
点击Edit→Current tab，可以设置Pivot Table里保留的小数点位数、数据格式、加和项(Totals)等。
报告定制完成后，可以选择File→Save保存到当前项目，或者选择File→Save to file保存为报告模板，便于后面分析时使用。保存的报告模板(.rptc 文件格式)可以在Byos workflow中加载为默认的报告格式。点击File→Load，在该报告模板的存储位置找到该报告模板文件，选择该文件即可导入该报告模板。
点击File→Export，可以将报告导出为PDF文档和XLS文件。注意：如果在报告中打开了“show configuration”按钮，导出的文件同样包括这些参数设置信息。在报告中将“show configuration”按钮切换至“Hide ”状态 ，即可隐藏。
Byos报告中有许多预设好的功能可供使用。如果您有特定的报告需求尚未在您使用的版本中出现，请联系我们。很有可能您要求的这些功能已经为现有客户定制开发完成。如果完全没有开发过，我们也会根据您的需要进行评估并进行定制开发。
2. 自动验证
PTM和SVA分析中最关键的步骤是进行单独的人工验证。在Byos V3.6以上的版本中， SVA Workflow中配置的默认报告添加了自动验证的功能——“SV auto-comment”。
当打开“SV auto-comment”后，系统会自动根据设定的算法如预测的保留时间差(predicted retention time difference)、XIC峰宽(XIC peak width)、修饰打分差值(Delta mod score) 逐个对每个肽段进行打分, 评估该肽段是否在标准范围内或者超出了标准。自动验证的判定结果显示在肽段表中的”Comments“列中。用户可以据此筛选出specific warnings的肽段，并对这些肽段进行进一步人工验证。