1. 高级功能
Cleavage Flags
我们经常碰到这样的问题：用户是否需要在Byonic中将蛋白的C-端赖氨酸剪切设定成一种修饰？
是否需要完全取决于用户想如何在报告中显示赖氨酸剪切。
Byonic默认搜索所有蛋白质链N端和C端的单个残基剪切。如果用户在不定义任何修饰的情况下进行全部特定修饰检索(fully-specific search)，Byonic会同时鉴定剪切和未剪切的末端肽段。例如，在默认全胰蛋白酶检索中，以下两种结果会同时出现。
K.SLSLSPGK.-
K.SLSLSPG.K
它们都会显示在野生型肽段的匹配结果中。用户可以在Byologic的报告中创建一个专门的表格，查看这两种肽段的相对丰度（见下图）。
在上表中，需要注意的是Sequence(unformatted)所在的列添加了筛选功能，因而仅显示选中的两个肽段。用户还可以使用“IsCterm“动态返回列来自动筛选出C-端肽段，无需要手动选择相应的序列。
另一种方法是将赖氨酸酶切设置为"Lys-loss/ -128.094963 @ Protein CTerm K"修饰。采用这种方法时，用户还需要关闭自动搜索单残基剪切的功能。关闭该功能是由Byonic中的“cleavage_flags”命令行来实现。只需在下图中的自定义修饰文本框中输入以下命令：
% Custom modification text below
cleavage_flags=0
这时赖氨酸缺失(Lys-loss)会被认为是一种修饰，以下两种肽段会被鉴定出来。
K.SLSLSPGK.-
K.SLSLSPGK[-128].-
因为赖氨酸缺失是被修饰的肽段，用默认的PTM报告模板生成的报告中会非常直观地显示该肽段的信息（见下图）。
如果用户想更进一步检索C端的甘氨酸缺失和酰胺修饰(Gly-loss+Amide/-58.005479)，有以下两种方法可以实现。
1）如果使用cleavage_flags=0命令行，同时Lys-loss设置为“variable-common1”修饰，然后将 Gly-loss+Amide设置为“variable-rare1”修饰，那么系统会同时检索两种修饰。结果报告中的肽段ID为K.SLSLSPG[-58]K[-128].-。
2）如果不使用cleavage_flags=0命令行，设置Gly-loss+Amide为“variable- rare1“修饰，那么结果报告中的肽段ID为K.SLSLSPG[-58].K。